Las nacras están amenazadas por las anclas y la contaminación, según García-March
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Las nacras se encuentran en peligro de extinción crítico. Los expertos lo achacan a una pandemia que azota la especie desde 2016 y que ha provocado que en mar abierto se haya pasado de millones a cientos de ejemplares. Con todo, el Mar Menor representa un resquicio de esperanza para la conservación y supervivencia de este molusco. Esto es debido a que los altos niveles de salinidad de la laguna evitan que el parásito entre en nuestras aguas.

Es por ello, por lo que los expertos hablan del Mar Menor como un santuario para las nacras. En los mares del Mediterráneo apenas hay una decena de "santuarios". Casi todos con cientos de ejemplares, sin  embargo, aguas como las del Delta del Ebro cuentan con miles de nacras.

En el caso del Mar Menor, los científicos trabajan en dos fases para proteger a la nacra. Por un lado, encontrar y proteger la especie en el fondo marino, y tras esto, conocer los peligros a los que se enfrenta y poder minimizarlos.

Una vez realizado esto la segunda fase consistiría en extraer un ejemplar sano para hacer reproducción en cautividad. Según, José Rafael García-March, científico del Instituto de Investigación en Medio Ambiente y Ciencia Marina de la Universidad Católica de Valencia, la dificultad de expansión de esta especie se encuentra en su complicado ciclo reproductivo.